Во время протестантского восстания Томаса Уайта ее даже на два месяца заключили в Тауэр, но вскоре отпустили. Перед смертью Мария с неохотой объявила Елизавету своей наследницей. Елизавета осталась протестанткой, однако в ее религиозных убеждениях не было фанатизма, присущего Генриху VIII или Эдуарду VI. В течении всего царствования ей пришлось бороться как с католиками, так и с радикально настроенными протестантами-пуританами. В 1593 году пуританам было предписано либо отказаться от своих взглядов, либо покинуть Англию. В 1568 году в Англию прибыла шотландская королева Мария Стюарт, католичка и возможная претендентка на престол. Вокруг неё начали складываться заговоры против Елизаветы, нити которых вели в Испанию и к папе, стримившегося вернуть Англию в лоно католичества. Началось длительное дипломатическое и военное противостояние Испании и Англии, закончившееся разгромом Непобедимой армады и казнью Марии Стюарт. Победа над Армадой снискала Елизавете славу новой владычицы морей и лидера всех протестантских сил Европы.
Елизавета была активной, правящей королевой. И хотя она была окружена выдающимися политическими деятелями, которых, кстати, сама и расставила по министерским постам: Уильямом Сесилом, Фрэнсисом Уолсингемом, Уолтером Майлдмеем, Томасом Смитом, Робертом Сесилом (сын Уильяма), неизменно оставалась их госпожой и повелительницей. Время Елизаветы характерно ростом торговой и колониальной экспансии Англии (личное покровительство Елизаветы Тюдор «пиратам королевы» — Дж. Хоккинсу, Ф. Дрейку, У. Рейли), началом систематического завоевания Ирландии, усилением централизации правления, упорядочением финансового ведомства, полным подчинением государству англиканской церкви, увеличением флота. Елизавета поощряла развитие новых производств, привлекала в страну искусных мастеров-эмигрантов, покровительствовала торговым компаниям. При ее поддержке Московская компания утвердилась на русском рынке, Эстляндская — на Балтике, Берберийская — в Африке, Левантийская — на Ближнем Востоке, Ост-Индская — в Индии; были основаны первые английские колонии в Америке.
Все эти шаги способствовали развернувшемуся в это время в Англии процессу первоначального накопления капитала и первенству вступления страны в новую капиталистическую эпоху. Елизавета широко использовала контакты с народом во время поездок по стране, парламентских сессий, торжественных процессий и праздников для демонстрации своей любви и заботы о подданных. Она многократно повторяла: «У вас может быть более выдающийся государь, но никогда не будет более любящего». Сознательно отказываясь от замужества, Елизавета заявляла, что «обручена с нацией». К концу 1580-х годов сформировался культ государыни: в народном сознании королева-девственница уподоблялась Деве Марии и считалась покровительницей протестантской Англии.