Потеряв отца в младенчестве, Фридрих воспитывался в доме своего дяди баварского герцога Вильгельма. С 1590 года обучался в Ингольштадтском университете, где преподаватели — отцы-иезуиты, внушили ему самые строгие правила веры. Таким образом в силу воспитания главной чертой характера Фердинанда была фанатичная приверженность католической церкви, которой он готов был истово служить. Заняв герцогский престол в Средней Австрии (в его владения входили Штирия, Каринтия и Краина), Фердинанд начал неумолимо преследовать протестантов. Всем, кто не желал менять вероисповедание, он предписал покинуть страну. Через несколько лет в австрийских владениях, где прежде половина населения состояло из лютеран и кальвинистов, не осталось ни одной протестантской церкви. В 1617 году Фердинанд стал королем Чехии, затем — Венгрии.
И уже наметились его переговоры по поводу избрания императором Священной Римской империи, как случился бунт чешских протестантов — «Пражская дефенестрация» 23 мая 1618 года, ознаменовавший начало Тридцатилетней войны. Так что вся последующая деятельность Фердинанда в качестве императора (был таки избран летом 1619 года) прошла под знаком этой войны. В её начальный период действия католических армий под водительством Тилли и Валленштайна были успешнее протестантских, что позволило Фердинанду II полностью подчинить Чехию, в которой был введен оккупационный режим, вернуть венгерский престол, подавить Крестьянское восстание 1626 года в Верхней Австрии, издать общеимперский реституционный эдикт 1629 года, требовавший от протестантов возвратить католикам все земли, захваченные ими после Аугсбургского мира. Закон отнимал у протестантов два архиепископства, двенадцать епископств, множество монастырей, приорств и других владений, но в действие введён не был.
Весной 1635 года Фердинад в Праге заключил с протестантскими князьями Германии мир, оставивший за протестантами те земли, которыми они владели в 1552 году и право в продолжение 40 лет пользоваться владениями, присвоенными между 1552 и 1555 годами, чем, казалось, война должна была закончиться, но в неё вмешалась Франция, и боевые действия снова разгорелись. Фердинанд не дожил до конца войны, умер в 1637 году