Бекет пользовался большим влиянием у Генриха II; у них обоих, по словам одного современника, «было одно сердце и один ум». Когда Генрих настаивал на избрании Фомы Бекета в архиепископы, он полагал, что последний будет поддерживать его в церковной политике. Однако сделавшись архиепископом Фома Бекет совершенно изменил свой образ мыслей, забыл прежнее увлечение придворною жизнью и крепко стал на защиту церкви против королевских посягательств. Генрих II, как король Англии, не мог допустить, чтобы церковь имела свой независимый от короля суд; он требовал, чтобы духовенство в своих судебных делах подлежало так же, как и светские люди, королевскому суду. Фома Бекет всеми силами противился этому.
В январе 1164 года в городе Кларендоне, на западе от Лондона, был созван съезд баронов и епископов, который под давлением короля выработал так называемые кларендонские постановления. Они заключались в следующем: 1) духовные лица должны быть судимы королевским судом, причем обращаться за защитою (апеллировать) к папе было воспрещено; 2) отлучение отдельного лица или интердикт на область не могли иметь места без разрешения короля; 3) выборы епископов или аббатов должны производиться с разрешения короля, в присутствии королевских чиновников, причем избранные епископы и аббаты за получаемую землю должны были приносить королю вассальную присягу. Отсюда видно, что английская церковь при Генрихе II переходила в полную зависимость от королевской власти. Бекет отказался скрепить эти постановления и бежал во Францию, надеясь найти понимание у папы. Но тот в это время был занят борьбою с Фридрихом Барбароссой, и английские дела его мало волновали, так что Бекету пришлось помириться с Генрихом II и вернуться в Англию. Будучи торжественно встречен лондонским населением и увидя, что большинство населения Англии находится на его стороне, Фома снова начал борьбу с Генрихом, который в порыве раздражения, как рассказывали, даже воскликнул: «Неужели никто меня не избавит от этого выскочки!» Тогда несколько рыцарей ворвались в собор, где находился Бекет, и убили его (29 декабря 1170 года)
Смерть Фомы Бекета очень повредила Генриху II. Народ считал того мучеником; на его могиле, куда стекались многочисленные богомольцы, стали совершаться чудеса. Рим грозил за убийство Фомы интердиктом Англии. то есть временным запрещением всех церковных действий. Сам Генрих, потрясенный совершившимся злодеянием, поклонился гробнице Фомы и в искупление своего греха был подвергнут бичеванию; он смирился и отменил судебные положения кларендонских постановлений; свобода выборов епископов и аббатов была восстановлена