В том же году был обвинен в получении взяток. Он признал получение подарков от людей, дела которых разбирались в суде, однако отрицал, что это как-либо повлияло на его решение. Бэкона лишили всех постов и запретили появляться при дворе. Оставшиеся до смерти годы он провел в уединении. Бэкон считается родоначальником английского материализма. Суть его основной философской идеи — эмпиризма — заключается в том, что в основе познания лежит исключительно опыт. Чем больше опыта (как теоретического, так и практического) накопило человечество (и отдельный человек), тем ближе оно к истинному знанию. Истинное знание не есть самоцель. Главная задача знания и опыта — помочь человеку добиваться практических результатов в его деятельности, способствовать новым изобретениям, развитию экономики, преобразованию природы.
Бэконом были сформулированы афоризмы, которые сжато выражают его философское кредо: «Знание— сила»; «Все сложное подлежит разложению»; «Изобретающий ум есть орган науки»; «Добро есть то, что полезно человеку и человечеству». Основные философские и исторические произведения Бэкона: три издания «Опытов, или наставлений нравственных и политических» (1595, 1612, 1625), «О достоинстве и приумножении наук», «Великое восстановление наук, или Новый Органон» (1620), «Новая Атлантида» (1627)