15 лет прошло между созданием Шмалькальденского союза и возникновением необходимости его в оборонительных сущностях.

Мориц Саксонский

В 1546 году Карл V, заключив мир с Францией (мир в Крепи, 1544), перемирие с Османской империей (1545) и союз с папой Павлом III, который предоставил в распоряжение императора значительные денежные и военные средства, решил разгромить евангелическое движение в Германии. Для осуществления задуманного он привлек на свою сторону герцога Морица Саксонского, которому было обещано курфюршество Саксония, которым владел Иоганн Фридрих Великодушный. Измена Морица негативно сказалась на положении дел в войне, которая началась в августе 1546 года. Войска Фердинанда (брат Карла V) и Морица заняли большую часть владений Иоганна-Фридриха Великодушного. В ноябре шмалькальденцы стали покидать Швабию. Протестантские города начали сдаваться императору. Смириться и просить прощение должны были также герцог Вюртембергский и пфальцграф Рейнский

Между тем Иоганн-Фридрих не собирался сдаваться. В начале 1547 года он довольно быстро отвоевал свою страну. Сами подданные герцога Морица, на которого император перенес курфюршеское достоинство в октябре 1546 года, видели в Иоанне Фридрихе передового бойца за их веру. Ему открылись широкие перспективы для деятельности еще и потому, что и в Богемии началось евангелическое движение: там снова стали раздаваться старые гуситские песни, и город Прага вместе с большинством дворянства отказал в повиновении королю Фердинанду, брату императора. Иоанн Фридрих был человек правдивый, трудолюбивый, твердо отстаивавший свои права, исполненный чистых побуждений, искренний, прямодушный в своих убеждениях. Но для того, чтобы обеспечить победу евангельской истине и верованию, при таких противниках как Карл V, Мориц Саксонский и пр. требовался характер более сильного закала и более выдающиеся умственные способности. И вскоре произошло то, что было предначертано судьбой. Император дошел до Нюренберга, а оттуда до Эгера в Богемии, где к нему присоединились войска Фердинанда.

11 апреля 1547 года Мориц Саксонский перешел саксонскую границу во главе императорского авангарда. Иоанн Фридрих был застигнут врасплох и в битве при Мюльберге (Саксония) армия Шмалькальденского союза была полностью разгромлена объединенными войсками императора и саксонского герцога. Курфюрст Саксонский Иоганн Фридрих Великодушный попал в плен. 19 мая 1547 года последовала так называемая Виттенбергская капитуляция. Иоганн Фридрих отказался от курфюршества в пользу герцога Морица. Вслед за этим сдался и глава Шмалькальденского союза гессенский ландграф Филипп I. Протестантский союз был распущен. На Аугсбургском рейхстаге 1548 года протестантским князьям был навязан религиозный договор о так называемом «интериме» (временный религиозный компромисс). Интерим предписывал протестантам признать главенство римского папы и большинство католических правил. В качестве незначительных уступок протестантам разрешалось уже женатым священникам проводить служение, не оставляя жен; и где был обычай раздавать причастие мирянам под обоими видами — как хлебом, так и вином (утраквизм), — там он сохранялся.

Ярко выраженный прокатолический характер Аугсбургского временного постановления не удовлетворил не только протестантскую партию, но и католическую. Последнюю не столько самими уступками протестантам, сколько тем, как они были проведены: с точки зрения католической партии было недопустимо, чтобы император благодаря единовластию составлял и распространял вероисповедание. Однако интерим обеспечивал временное статус-кво в империи. Так что на практике Карлу Пятому провести интерим не удалось. Планы императора передать империю сыну своему Филиппу, грубое обращение с немцами, присутствие в Германии испанских солдат — всё это вызвало в последней сильное раздражение, которое и закончилось вскоре возобновлением борьбы, причём теперь и Мориц изменил императору. Неудачный для императора её исход привел к Пассаускому договору и, наконец, к Аугсбургскому религиозному миру