Права трибунала были следующие:
«1. При первом же подозрении в ереси инквизиция должна обрушиваться на виновных подобно молнии.
2. Инквизиция обязана преследовать всех еретиков, невзирая на их чины и звания, в том числе государей и князей церкви, если они повинны в ереси.
3. Особенно энергично следует преследовать тех еретиков, которые пользуются покровительством светских государей; только те из них, кто проявит раскаяние, могут рассчитывать на «отеческое милосердие» инквизиции.
4. Протестанты, в частности кальвинисты, не должны рассчитывать на какую-либо пощаду».
Конгрегация Инквизиции получила неограниченную юрисдикцию в делах веры над всеми католиками, включая кардиналов; с 1566 года приговоры инквизиционного трибунала не могли быть смягчены даже по решению папы. Конгрегация должна была руководить деятельностью всех инквизиционных трибуналов и служить высшей апелляционной инстанцией для них (исключение составляли трибуналы Пиренейского полуострова, Сицилии и Сардинии, находившиеся в юрисдикции испанской инквизиции). Римская инквизиция действовала в основном в Италии, а также в Авиньоне и в графстве Конта-Венессен (ныне депортамент Воклюз, Франция). Попытки распространить ее деятельность на другие французские земли не увенчались успехом; Инквизиция там продолжала существовать номинально, фактически же борьба с еретиками находилась в ведении королевских судов и парламентов