К ноябрю 1576 года под руководством герцога Генриха Гиза Католическая лига появилась в Париже. Король Генрих III (1574-1589), осознав потенциальную опасность этого объединения, решил возглавить движение и объявил, что будет сражаться за восстановление единства веры во Франции. Это стало началом 6-й религиозной войны (январь-сентябрь 1577 года). Несмотря на то что недостаток финансов для ведения активных военных действий вынудил правительство довольно скоро подписать мир в Бержераке (14 сентября 1577 года), его условия были менее выгодны гугенотам (в тех местах, которые ими не контролировались, протестантские богослужения разрешались лишь в одном из пригородов судебного округа; в парламентах Экса, Бордо, Гренобля и Тулузы сохранялись судебные палаты с равным представительством католиков и гугенотов, но число судей-гугенотов уменьшалось в них вполовину). Но главное — Генрих III прекращал деятельность «всех лиг, ассоциаций и братств», как католических, так и протестантских. Таким образом, 1-я Католическая лига прекратила существование.
После смерти в 1584 году младшего брата короля Франциска Алансонского наиболее вероятным наследником французского престола стал кальвинист Генрих Наваррский. Это спровоцировало восстановление Католической лиги во главе с братьями Гизами; лигисты вступили в декабре 1584 года в тайное соглашение с испанским королем Филиппом II и выдвинули претендентом на французскую корону кардинала Шарля Бурбона, дядю Генриха Наваррского. Под нажимом лигистов Генрих III издал в июле 1585 года Немурский эдикт, поставивший протестантизм вне закона. Разразилась очередная война, так называемая «Война трех Генрихов».
20 октября 1587 года Генрих Наваррский разбил королевские войска при Кутра. 24 ноября Генрих Гиз взял реванш при Вимори. 12 мая 1588 года в Париже вспыхнуло восстание против короля (День баррикад). Под давлением католиков Генриху Третьему пришлось принять все их требования: передал Лиге шесть городов, лишил «еретиков»-Бурбонов прав на престол и назначил Генриха Гиза главнокомандующим. 23–24 декабря по приказу короля Генрих Гиз и кардинал Лотарингский были убиты. Это вызвало новое антикоролевское восстание в Париже. Король покинул столицу и в апреле 1589 заключил договор о совместных действиях с Генрихом Наваррским. Их объединенные силы осадили Париж. Но 1 августа Генрих III был убит агентом Лиги монахом Ж. Клеманом.
Генрих Наваррский, отступив в Нормандию, провозгласил себя королем Генрихом IV. В ответ лигисты объявили королем кардинала Бурбона под именем Карла X. Генриха IV поддержали Англия и немецкие протестанты, Карла X – Испания. Откровенное вмешательство во французские дела Испании вызвало раскол внутри католической Лиги и способствовало увеличению числа сторонников компромисса с Генрихом IV. Приняв в июле 1593 католическую веру («Париж стоит мессы»), он выбил последнее оружие из рук своих врагов. В марте 1594 года Париж открыл перед ним ворота. К 1598 году вся Франция признала его власть. 13 апреля 1598 он издал Нантский эдикт, который подвел итог Религиозным войнам. Гугеноты получили право занимать государственные должности, свободно отправлять свой культ везде, кроме Парижа, иметь своих представителей при дворе и армию в двадцать пять тысяч человек; им предоставлялось во владение двести городов (Ла-Рошель, Монпелье, Монтобан, Сомюр и др.); государство обязалось выделять средства на их богослужебные нужды