23 февраля 1534 года анабаптисты, опиравшиеся на плебейские массы Мюнстера, получили большинство в магистрате, 26 февраля они изгнали из города всех, кто отказался принять их веру. 5 апреля 1534 года главой Мюнстера стал один из главных руководителей нидерландских анабаптистов Иоанн Лейденский (около 1509 — 23 января 1536), который в апреля-мае 1534 года распустил магистрат, заменив его советом «12 апостолов».
Анабаптисты конфисковали и разделили между горожанами имущество церквей, монастырей, бежавших и изгнанных граждан, драгоценные металлы были конфискованы в общую пользу, деньги упразднены, торговля и обмен с целью наживы сначала ограничивались, а затем были запрещены; все жители обязаны были трудиться по специальности на общее благо и участвовать в обороне города, не получая за это особой оплаты; продовольствие и все предметы потребления и обихода подлежали обобществлению и распределению по строго установленным нормам под контролем властей; моногамная семья была заменена заимствованной из библейских текстов ветхозаветной полигамией; нарушения общественного порядка, пьянство, всякого рода аморальные поступки, трусость в бою наказывались вплоть до смертной казни. Мюнстер был объявлен единой общиной (коммуной) «истинных христиан», избранным богом городом, долженствовавшим стать оплотом грядущего всемирного тысячелетнего «царства Христова», под которым подразумевалось царство социального равенства. Всё это время князь-епископ фон Вальдек, намереваясь восстановить своё правление в городе, тоже не сидел сложа руки. Собирал войско за счёт светских и церковных налогов Мюнстерской земли, и за счёт вассальных подкреплений из округов Мюнстера, Оснабрюка и Миндена, покупал пушки, оружие и снаряжение. Ландскнехтов и прочих пеших нанимал за 4 эмденских гульдена в месяц, конных — за 8, младших офицеров — за 16; капитаны получали 150–160 гульденов в месяц. Наняты были и пушкари: из Кёльна 24, из Мюнстера 10, из Оснабрюка 4, из Штайнфурта 6, из прочих мест — ещё 12.
Кроме того, князь-епископ заключил с войском договор, согласно которому все пушки, ружья и военное снаряжение, а также половина стоимости прочей добычи будут отданы ему, а взятый город отдан войску «на поток» (разграбление) на восемь дней, после чего выплата жалованья будет прекращена. В начале марта 1534 года Мюнстер был взят в осаду. Сначала нападающие успешно отражали все атаки. Мужчины и женщины стояли вместе на крепостных стенах. Более того, Мюнстер сделал множество попыток экспортировать свою анабаптистскую революцию — в окрестные города отправлялись «апостолы», снабженные прелестными письмами Иоанна Лейденского, стремясь побудить соседей к восстанию. В нескольких городах действительно вспыхнули восстания. Однако, феодалам удалось их подавить. С конца 1534 года положение осажденных ухудшилось: запасы продовольствия иссякали, попытки поднять восстание в поддержку Мюнстерской коммуны в других городах Вестфалии и в Северных Нидерландах были жестоко подавлены. 24 июня 1535 года он был взят объединёнными католическо-лютеранскими войсками под руководством Мюнстерского епископа. Многие адепты учения, в том числе Иоанн Лейденский, бургомистр города Бернд Книппердоллинг, были жестоко казнены. 10 мая 1535 года 40 анабаптистов заняли ратушу Амстердама, но городские гвардейцы взяли её штурмом. В завязавшемся бою были убиты мэр города Петер Колейн, 20 гвардейцев и 28 анабаптистов. Оставшихся в живых анабаптистов казнили особенно жестоко