Сейм отверг притязания короля, согласившись на мобилизацию только в оборонительных целях для войны с турками. После того, как в начале 1547 года Иоганн-Фридрих Великодушный разбил войско Морица Саксонского, Фердинанд без ведома сейма назанчил всеобщий рекрутский набор, а от Праги потребовал для своего войска в кратчайший срок собрать 600 пехотинцев. Прага не подчинилась. 12 января 1547 года Фердинад издал указ, по кторому все лица не выполнившие распоряжений короля о несении военной службы, подвергались смертной казни, а их семьи изгнанию. Тогда восстали многие города и провинции Чехии. 12 февраля 1547 года на совместном заседании представители всех сосоловий заключили соглашение о взаимной поддержке в борьбе против короля. Но так как под знамена сейма начали стихийно стекаться крестьяне и прочий бедный люд, представители сейма испугались неконтролируемого развития событий и попытались найти с королем компромисс. Эта нерешительность помешала чехам создать боеспособную армию. Фердинанд и герцог Альба вторглись в Чехию, их войска грабили и разоряли города.
2 июля Фердинанд с громадным войском вступилв Прагу. Восстание было подавлено. В результате поражения восстания бюргерство, прежде всего пражское, занимавшее со времён гуситских войн важное и наиболее оппозиционное место в системе чешской сословной монархии, было полностью устранено из политической жизни королевства, права чешских городов, прежде всего Праги, были сведены до минимума. Помимо земельных владений, города лишились многих финансовых и торговых привилегий, права сбора таможенных пошлин, торговых сборов, судебных штрафов и налогов на наследование имущества, которые отныне стали взиматься в королевскую казну.
Все грамоты с городскими правами и привилегиями были изъяты. Поражение пражского восстания сословий привело к существенному ограничению полномочий сейма, главного сословного органа власти. Созывать сейм отныне мог только король. Сейм, созванный без разрешения короля, объявлялся незаконным. Все сословные союзы были запрещены. король отныне мог созывать земские сеймы и назначать состав земских учреждений, не выслушивая мнения сословий соответствующих земель. Наконец, Фердинанд I добился от генерального сейма согласия на коронацию своего наследника ещё при своей жизни, что прямо нарушало положения коронационных капитуляций Фердинанда 1526 года. Чешские сословия фактически лишались права на свободное избрание своего короля, чешская монархия Габсбургов начала превращаться в наследственную