До 1308 года резиденцией пап был Латеранский дворец или Латеранская базилика в Риме, имеющая титул кафедрального собора. Название происходит от наименования местности — Латеранского холма. В базилике проходили соборы католической церкви. Некоторые из этих соборов считаются Вселенскими. После того, как в борьбе с французским королем Филиппом IV Красивым папа Бонифаций VIII потерпел поражение и вскоре умер, в 1305 году под именем Клемента V папой был избран француз Раймон Бертран де Го. Считается, что он получил должность при содействии Филиппа IV, которому за это обязался уступить на пять лет церковные доходы в пределах Франции и обещал полную покорность. В это время в Риме было неспокойно: римская знать и её вооружённые отряды боролись за влияние, Латеранская базилика сгорела в пожаре. В марте 1309 года папский двор переехал из Пуатье (где он оставался в течение 4 лет) в окрестности города Авиньон, который не был тогда частью Франции, а считался имперским леном, находившимся под властью Сицилии. В 1314 году Климент V умер; два года спустя новым папой был избран авиньонский кардинал Жак д’Юэз (Иоанн XXII), и папский двор окончательно переместился в Авиньон.
Но время так называемого Авиньонского пленения пап всё-таки считается с 1309 по 1377 год. Авиньонский период в истории папства мало напоминал реальный плен, скорее это было сотрудничество пап с сильными французскими королями. Все папы этого периода были французами, французское большинство было и в коллегии кардиналов, избиравших пап. Папы выполняли важные дипломатические миссии в пользу короля Франции, были исполнителями его воли. В это время папство утратило былую роль в политической жизни Европы и уже не претендовало на главенствующую роль в делах суверенных государств. Однако внутри церкви власть пап приобрела поистине монархический характер. Епископы и аббаты отныне не избирались местным духовенством и монахами, а назначались папами. С помощью непомерно разросшегося бюрократического аппарата своей курии папы контролировали все сферы церковной жизни. Благодаря торговле индульгенциями, продажам церковных должностей, сбору крестоносной десятины значительно увеличились доходы папской казны.
К 1360-м годам в связи с ослаблением Франции во время Столетней войны в Авиньоне стало уже не так спокойно, и в 1367 году папа Урбан V предпринял попытку переехать в Рим. Однако спустя три года был вынужден вернуться в Авиньон — в Риме, сотрясаемом солдатскими бунтами, продолжалась борьба политических группировок за власть, а местное население негативно относилось к папе-французу. В 1377 году преемник Урбана V Григорий XI, опасаясь полностью утратить власть в Папской области, окончательно вернулся в Рим. Новой папской резиденцией — на смену сгоревшему в 1308 году Латеранскому дворцу — стал Ватикан