Однако отношения между религиозными партиями после заключения мира не улучшились. Ведь каппельский договор был составлен в таких выражениях, что подавал повод к произвольным толкованиям. Основываясь на его первом параграфе, по которому в религиозных делах не должно быть принуждения, Цюрих требовал полной свободы совести для своих единоверцев и в самих лесных кантонах. Требование это само по себе было справедливо, но и католические кантоны со своей точки зрения были правы, не соглашаясь на подобную терпимость. Они имели полное право опасаться, что среди них образуется партия, которая, в случае столкновения, приняла бы сторону своих единоверцев. Взаимное раздражение сторон получало все новую пищу. Католики в собственных владениях открыто расправлялись с приверженцами реформы как с еретиками. Протестантские города настаивали, согласно договору, на наказании обидчиков, католические кантоны не реагировали. При таких обстоятельствах вооруженное столкновение оказывалось неизбежным. Но если Цюрих под влиянием всеми уважаемого реформатора и проповедника Хульдриха Цвингли был готов к войне, то Берн выступал против. Он предложил прекратить подвоз провианта в лесные кантоны, надеясь через это восстановить народ против правящих кругов. Остальные города присоединились к мнению Берна, и после долгих протестов цюрихские уполномоченные вынуждены были также подписать это решение. В ответ католические кантоны мобилизовали свои войска и выступили походом на Цюрих.
Цюрих не был поддержан Берном, поэтому его силы были явно слабее сил католиков. 11 октября 1531 года под Каппелем встретились 7—8 тысяч католиков и от 1200 до 2000 цюрихцев, которые были разбиты, погибло 500 человек, среди них Цвингли. После битвы при Каппеле Цюриху пришли на помощь Берн и другие кантоны. Протестантские кантоны 15 октября предприняли ответный поход. 23 октября цюрихские войска встали лагерем под Менцингеном. Ночью на лагерь было совершено нападение, протестанты потеряли около 600 человек и были вынуждены отойти. В ноябре при посредничестве нейтральных кантонов начались мирные переговоры. Согласно Второму земскому миру те коммуны, которые уже перешли в протестантизм, могли сохранить свою религию, однако на большинстве территорий преимущество получили католики. Отдельные стратегически важные населённые пункты, в которых преобладали протестанты, принудительно были объявлены католическими. По результатам второго земского мира религиозная карта Швейцарии надолго стабилизировалась