Став королем, сразу передал полномочия своему любимцу, герцогу Лерме, издав при этом повеление, что «подпись Лермы равносильна собственноручной подписи короля». Лерма оказался честолюбивым, но бездарным правителем и только усугубил кризис в стране. Огромный государственный долг (более 140 млн дукатов), унаследованный Филиппом от отца, постепенно возрастал, между тем как источники доходов все более иссякали, народ беднел вследствие дурной администрации и вымогательств фискальных чиновников.
Сильным ударом для благосостояния Испании был декрет от 22 сентября 1609 года об изгнании из Испании морисков, что лишило страну полумиллиона трудолюбивого и зажиточного населения мавританского происхождения. Во время царствования Филиппа Третьего был заключен Лондонский мир с Англией (28 августа 1604 года), по которому Испания признавала английскую монархию, Англия прекращала поддержку революции в Нидерландах, запрещала английским пиратам грабить испанские суда, а Ла-Манш становился свободным для испанских кораблей. В Нидерландах Испания продолжала войну, лишь в 1609 году было подписано перемирие на 12 лет. Этим актом Испания де-факто признала независимость семи северных провинций страны, образовавших Республику соединённых провинций. В секретной части договора король Испании обещал не препятствовать торговле Голландии в Индиях, но для сохранения лица этот пункт не был включен в официальный текст договора.
В 1620 году Испания вступила в Тридцатилетнюю войну. За морями Испания явно проигрывала борьбу Голландии, та захватила Пунту-де-Арайю — богатое месторождение соли в Венесуэлеи, начала осваивать территорию Гайаны, в 1613 году основала Парамарибо (нынешняя столица Суринама). В 1605 году голландцы добрались до Молуккских островов и c 1619 года контролировали морское сообщение с этими островами, чем составлили серьезную конкуренцию португальским купцам, которые упрекали короля в неспособности защиты их интересов