В марте 1525 года крестьяне поднялись на борьбу в Средней Германии, Франконии, в мае — в Эльзасе и Юго-Восточной Германии. Отряды крестьян не взаимодействовали между собой, в каждом регионе они выдвигали свои требования. В Шварцвальде так называемое Христианское объединение и приняло программу «12 статей», которой подчеркивался мирный характер выступления. Ссылаясь на «божественное право» крестьяне Шварцвальда требовали упразднения личной зависимости, уменьшения повинностей, восстановления свободного пользования общинными угодьями, автономии сельских общин, права выбора общиной священника. В программном документе крестьян Франконии «Статейном письме» говорилось о необходимости перехода власти к народу и отказа от любых компромиссов с «господами». Там же была составлена Гейльброннская программа, выражавшая интересы не только крестьян, но и бюргерства, и даже рыцарства.
Она предусматривала ограничение произвола князей и усиление власти императора, введение общеимперского законодательства, единой монеты, унификации системы мер и весов, отмены внутренних таможенных пошлин, секуляризации церковных имуществ в пользу рыцарства и др. Программный документ восставших крестьян и горнорабочих Тироля «Земское устройство» призывал к преобразованию Тироля в республику, предусматривал огосударствление горнорудного дела, введение государственной монополии на торговлю, освоение новых сельских земель, ликвидацию монастырей и всех городов, за исключением Бриксена и Триента, оказание помощи бедным за счёт средств от сбора десятины.
Так как отряды крестьян были разобщены, действовали самостоятельно, они постепенно были разбиты в разных битвах войсками Швабского союза (между имперскими рыцарями и имперскими городами Юго-Западной Германии) и германских князей. Крупнейшее кровопролитие за всё время Крестьянской войны случилось по приказу герцога Антуана Лотарингского, войска которого нарушив условия перемирия, перебили 18 тысяч крестьян в Эльзасе. В целом Крестьянская война ухудшила положение крестьян; так как озлобленное дворянство с особым усердием стало налагать на крестьян поборы и повинности. Тем не менее, в некоторых областях Германии часть требований крестьян из программы «12 статей» были удовлетворены