Миссионерская деятельность Ордена в Ливонии преимущественно велась огнём и мечом. 20 октября 1210 года епископ Риги Альберт и магистр Фольквин получили от Папы Иннокентия III привилегию на раздел Ливонии и Семигалии (область на юге Латвии по левому берегу Западной Двины). Именно в этой булле произошло действительное утверждение ордена папой. В 1219 году вместе с датскими войсками, пришедшими на помощь рыцарям ордена, меченосцы основали крепость Ревель (ныне Таллин). В мае 1226 года император Фридрих II утвердил за меченосцами их владения, как держание от рижского и дерптского епископов. История ордена Меченосцев — это история постоянного военного противостояния с князьями Новгорода, Пскова и Литвы. Литва либо сама организовывала походы против Ордена и епископов либо участвовала в них вместе с ливами, земгалами и русскими. Чтобы завоевать Литву или хотя бы её ослабить, а также пресечь помощь литовцев поверженным племенам балтов, 9 февраля 1236 года папа Григорий IX объявил Крестовый поход против Литвы.
22 сентября того же года состоялась битва при Сауле, окончившаяся полным поражением меченосцев. В ней был убит магистр ордена Фольквин фон Намбург (Фольквин фон Наумбург не разделял энтузиазма папы Григория IX, объявившего крестовый поход, считая, что у ордена недостаточно сил и средств для подобной военной кампании, к тому же меченосцы располагали скудными разведданными о территории, в которую предполагалось вторжение. Тем не менее, Фольквин предпочел не перечить Григорию IX и возглавил крестоносцев. В походе так же приняли участие рыцари из графства Гольштейн, крещёные эсты, ливы, латгалы, отряд псковичей и новрогодцев. Битва произошла в районе современного города Шауляй).
12 мая 1237 года Григорий IX и гроссмейстер Тевтонского ордена Герман фон Зальца совершили обряд присоединения остатков ордена меченосцев к Тевтонскому ордену. Ответвление Тевтонского ордена на землях бывшего ордена меченосцев (то есть на нынешних латышских и эстонских землях) стало называться Ливонским ландмейстерством тевтонского ордена. или затем Ливонским орденом. Окончательно образование Ливонского ордена на месте Ордена меченосцев и разграничение сфер влияния Ливонского ордена и Датского королевства на Восточной Балтике закрепил Договор в Стенсби, заключённый 7 июня 1238 года между датским королём Вальдемаром II и магистром Ливонского ордена Германом фон Балком