Завоевать Египет смог правнук Убейдаллаха — халиф аль-Муизз (954—975). Придя к власти, аль-Муиз начал деятельную и систематическую подготовку к египетскому походу. В специальных лагерях он обучал и тренировал свою армию. Был создан флот для транспортировки продовольствия. В Египет было отправлено множество агентов и проповедников, установивших связи с египетскими шиитами.
Весной 969 года стотысячная фатимидская армия во главе с Джаухаром (бывшим рабом — христианином греческого происхождения из Сицилии) вторглась в Египет и завоевала его почти без труда. В 969 году новые власти основали Каир и сделали его столицей Египта. Имя аль-Кахира означает «Победитель», «Завоеватель», «Укротитель». В 972 году в Каир прибыл сам халиф аль-Муизз. Египет вошёл в состав Фатимидского государства. После Египта Фатимиды продолжали завоевывать прилегающие районы, пока они не установили господства от Туниса до Сирии, включая Сицилию. В конце XI и XII веке халифат Фатимидов быстро пришел в упадок, а в 1171 году на его территорию вторгся Саладин. Он основал династию Айюбидов, которая объединило государство Фатимидов и халифат Аббасидов