По характеру Фердинанд был приятный светский человек: добрый к приближенным и милостивый к слугам, он был щедр, страстно любил музыку и горячо увлекался охотой. Но одной из главных черт его натуры была фанатичная приверженность католической церкви. Фердинанд любил повторять: «Лучше пустыня, нежели страна, населенная еретиками» и всю жизнь считал себя воином и служителем католической Церкви, посланным Богом для восстановления её учения. Правительство и католические вельможи, впрочем, не дожидались, пока Фердинанд возьмет власть в Чехии. Был усилен контроль королевских чиновников над городским самоуправлением, в городских советах протестантов заменяли католиками. В некоторых городах жители получили предписание перейти в католичество под угрозой изгнания. Протестантские священники изгонялись, жителей деревень и местечек заставляли участвовать в католических обрядах. Упорствующих штрафовали, арестовывали, лишали права пользоваться пастбищами и заниматься ремеслом.
Особенно широкую огласку получила религиозная борьба в городах Клостерграб и Брумов (Браунау). Заставив население Граба перейти в католичество, местный католический епископ приказал разрушить построенную здесь протестантскую церковь. А делегация жителей Брумова, жаловавшаяся правительству на то, что местный аббат не дает им пользоваться протестантским храмом, и вовсе была арестована. Возмущенные горожане вооружились и прогнали прибывшую в Брумов правительственную комиссию. Против политических и религиозных притеснений восстали и жители города Усти (Ауссиг), они убили католического священника и прогнали другого, присланного на его место. Ободренные движением протеста против политики правительства оппозиционные дворяне и бюргеры собрались в марте 1618 года в Праге и составили жалобу императору на нарушение религиозных прав протестантов, особенно в Брумове и Гробе. Основная масса участников съезда держалась пассивно, а делегаты Праги вообще не рискнули появиться на заседаниях. Учитывая это и намереваясь припугнуть оппозицию, венский двор запретил намеченный на май новый съезд и объявил о намерении покарать зачинщиков. Вожди оппозиции решили, что пути отступления для них отрезаны и медлить более нельзя.
23 мая 1618 года сословия снова собрались, несмотря на императорское запрещение (большинство городов не осмелилось прислать своих представителей). Городские власти в Праге стали арестовывать тех горожан, кто хотел принять участие в запрещенном съезде. Народ, раздраженный этими новыми преследованиями, высыпал на улицы. Лидер протестантской оппозиции граф Турн и его сподвижники пришли в помещение ратуши, где находились наместники короля Матвея и осЫпали их обвинениями в том, что они упорно в течение многих лет вредят общему благу и самостоятельности Чехии, пагубно влияя и на самого императора. Толпившиеся за дверями вооруженные дворяне шумными возгласами выражали согласие с этими гневными словами. Перебранка закончилась тем, что дворяне бросились к имперским чиновникам и выбросили их из окна на улицу с 15-метровой высоты. Те, правда, особенно не пострадали, упав на кучу мусора. Это событие получило название в истории «Пражская дефенестрация» 23 мая 1618 года и считается началом Тридцатилетней войны. Происшествие 23 мая изменило поведение представителей чешских сословий. Они поняли, что не имеют иного выхода, как с оружием в руках навязать свою волю венскому правительству. Сейм объявил военное положение, постановил созвать ополчение и набрать наемное войско. Была избрана «директория» в качестве нового правительства страны из 30 человек, по 10 от каждого сословия — панов, рыцарей и горожан. Директория отправила в соседние земли и в иностранные государства послания с просьбой о поддержке