Само слово Яндекс (ранее – Яndex) появилось в 1993 году в результате мозгового штурма Ильи Сегаловича совместно с Аркадием Воложем. Они как раз занимались разработкой программного продукта, способного осуществлять поиск на русском языке. Основой для названия поисковика стало слово index (в переводе – указатель, индекс, каталог), так появилось понятие yandex – yet another indexer (еще один, или очередной индексатор). Предложенное Ильей Сегаловичем название пришлось по душе Аркадию Воложу, он изменил только первую часть слова – с «Ya» на «Я», чтобы показать русские корни новой поисковой системы.
До 1997 года Яndex был лишь дополнением к АльтаВисте (AltaVista – на тот момент единственная поисковая система, работающая с кириллицей), но 23 сентября на выставке Softool все изменилось. Яндекс стал еще одним русским поисковиком в дополнение к Рамблеру, Апорту и АльтаВисте.
С ростом популярности Яндекса растет и число версий происхождения его названия. Кроме официального варианта, существует еще «Языковой индекс» и даже «ЯНЬдекс» (и «ИНдекс»), придуманный одним из самых известных российских дизайнеров Артемием Лебедевым. И некоторые личности в социальных сетях уже начали искажать название популярного в России поисковика в виде «Йандекс» и т.п.