Валахия, Трансильвания, Молдавия на карте
Войну от лица Европы возглавлял император Священной Римской империи Рудольф II, от Турции — султаны Мурад III (1574-1595), Мехмед III (1595-1603), Ахмед I (1603-1617). На начало войны Венгрия была разделена на части: царская Венгрией — владение Габсбургов; Османская Венгрия в центре и на юге страны; княжество Трансильвании или Королевство Восточной Венгрии которое, как и Дунайские княжества были данниками Османской империи. Таким образом, территории Турции и Священной Римской империи соприкасались на балканах. В конце XVI века между этими странами формально был мир, но периодически на границе происходили стычки. В 1591 году османский губернатор Боснии Хасан-паша взял несколько фортов на западном (хорватском) участке границы, а на реке Купа, возле Петриньи, построил новый форт. Габсбурги, зная о плохом состоянии обороны своих границ, сочли это враждебным актом, но попытались избежать обострения ситуации с помощью дипломатии. В 1592 году после долгой осады османы взяли крепость Бихач в самом северо-западном углу Боснии, которая к тому времени уже 129 лет находилась во власти Порты.
В 1593 году Хасан-паша, форсировав реку Купа, взял в осаду форт Сисак. Тот, кто владел Сисаком, держал под контролем проходившие по берегам Савы дороги, которые вели к Загребу и далее в Австрию, поэтому австрийцы были вынуждены отреагировать. Спешно собранные для оказания поддержки гарнизону форта австрийские силы наголову разгромили в битве при Сисаке нарушителей границы. Так началась эта война. В 1595 году император Священной Римской империи Рудольф II и правитель Трансильвании Жигмонд Батори подписали соглашение о совместных действиях против турок, к которому впоследствии присоединились господарь Валахии Михай Храбрый и правитель Молдавии Арон Тиран. На некоторое время основным полем битвы стали районы, прилегающие к Восточному Дунаю. Всего с 1593 по 1603 годы в ходе войны произошли 11 битв разной степни интенсивности и с разными победителями, 10 раз войска той или другой стороны осаждали вражеские крепости (Дьёр, Эгер, Секешфехервар, Буда — дважды).
25 октября 1596 года на равнине Мезе-Керестеш произошло единственное за всю войну крупное столкновение между основными силами враждующих сторон. Турки одержали верх. 1597—1598 годы прошли в боях среднего размера на линии соприкосновения враждующих сторон; крепости периодически переходили из рук в руки, но серьёзных изменений не происходило. К 1599 году противники истощили силы, и осенью начались мирные переговоры, но текущее состояние не устраивало ни одну из враждующих сторон, и потому переговоры успеха не имели. В 1600 году турки прорвали оборонительную линию Габсбургов, взяв стратегически важную крепость Канижа. Над Веной вновь нависла угроза осады. В 1601 году Габсбурги попытались вернуть Канижу, но безуспешно, однако им удалось взять Секешфехервар, который турки вернули в 1602 году. 1603—1604 годы прошли в борьбе обеих сторон за Буду и Пешт. Так как фанатично преданный католицызму Рудольф II проводил на своих землях политику контрреформации, в 1604 году протестант Иштван Бочкаи поднял в Трансильвании антигабсбургское восстание, предпочтя покровительство мусульман-турок власти католиков-Габсбургов.
Воспользовавшись отвлечением австрийских сил на борьбу с Бочкаи, турки в 1605 году отобрали Эстергом, который потеряли в 1596 году. Однако воспользоваться смутой у соседей Турция не смогла, в это время и у неё возникли проблемы: была охвачена беспорядками Малая Азия, в других районах империи также происходили волнения, а в 1603 году началась очередная война с Персией. В этих условиях обе стороны начали искать мира. Мирный договор был подписан 11 ноября 1606 года в пограничной деревне Житваторок. Договор закреплял за каждой из сторон те территории, которые она в тот момент удерживала, что дало Османской империи весьма скудное приобретение в виде всего двух новых крепостей — Эгера и Надьканижи. В обмен на разовую выплату 200 тысяч флоринов отменялась ежегодная «дань», которую император Священной Римской империи платил султану