В 1629 году переселился в Нидерланды, где прожил 20 лет, погружённый в уединённые научные занятия. В 1649 по приглашению королевы Кристины переехал в Стокгольм. Имея привычку проводить утренние часы в постели, Декарт был вынужден вставать зимой посреди ночи и добираться до королевского дворца, преодолевая значительное расстояние. Возвращаясь как-то с уроков, назначенных на пять утра, он простудился и умер от пневмонии на девятый день болезни.
Его основные труды: «Рассуждение о методе», «Размышления о первой философии», «Первоначала философии», «Космогония: Два трактата», «Геометрия». Декарт формулировал закон преломления света, объяснил, как функционируют нормальный глаз, как действуют линзы, зрительные трубы (телескопы и микроскопы), изложил первую современную теорию ветров, облаков и осадков; дал верное и детальное объяснение явления радуги, придумал обозначать в математике неизвестные символы буквами «x,y,z», а постоянные величины — буквами «a, b, c». В «Геометрии» разрабатывал новую область математики – аналитическую геометрию, соединяя ранее существовавшие раздельно дисциплины алгебры и геометрии. Из его идей впоследствии возникло главное достижение математики Нового времени – дифференциальное и интегральное исчисления. В философии основные идеи Декарта: главное — разум, мышление; познание осуществляется не чувствами, а умом; движение познания — от общего к частному; материя и сознание — равноправные и взаимосвязанные начала. Ученый исходил из того, что нельзя считать общепризнанные знания и суждения правдивыми и безошибочными, он призывал сомневаться во всем