Наконец, в 1228 году Фридрих собрался таки в поход на Святую землю. Григорий IX оценил это действие как провокацию, поскольку Фридрих, будучи отлученным от церкви, не имел права проводить крестовый поход, и вторично отлучил императора, называя его «нечестивым монархом». Тот проигнорировал. Выше говорилось, что Фридриху вообще были безразличны религиозные вопросы и разногласия. Он прекрасно ладил с теми, кто не мешал его планам. Вот и с султаном Египта Аль-Камилем, который владел Иерусалимом, он вступил в переговоры и, используя борьбу того с дамасским эмиром Аль-Муаззамом, добился уступки ему Иерусалима. В то время от отсутствия стратегического значения и из-за междоусобной борьбы Айюбидов Иерусалим потерял статус столицы и религиозного центра, и стал провинциальным городком в империи Айюбидов.
По договору Купол Скалы и мечеть Аль-Акса должны были оставаться под контролем мусульман, нельзя было восстанавливать укрепления Иерусалима (стены и постройки города были разрушены по указу султана Дамаска Аль-Муаззама в 1219 и 1220 годах, когда над Иерусалимом нависла угроза захвата крестоносцами пятого крестового похода). Помимо Иерусалима, Фридрих II получил от египтян Назарет, Сидон, Яффу и Вифлеем. 11 февраля 1229 года император созвал совет рыцарей Иерусалимского королевства и сообщил им о деталях договора. Практически все крестоносцы, в том числе тамплиеры и госпитальеры, осудили эту сделку как политическую уловку со стороны Фридриха, чтобы вернуть себе королевство, предав общее дело крестоносцев. После подписания соглашения император отправился в Иерусалим, и большинство крестоносцев последовало за ним. В субботу, 17 марта, они прибыли к разрушенным стенам Иерусалима.
У ворот города стоял кади Наблуса, который передал императору ключи от города. На следующий день, в воскресенье, 18 марта 1229 года, Фридрих II, одетый в королевскую одежду, отправился в Храм Гроба Господня. Рыцари орденов госпитальеров и тамплиеров на церемонию не явились, были только тевтонские рыцари. Фридрих II лично возложил себе на голову корону Иерусалимского королевства. 1 мая 1229 года Фридрих покинул берега Леванта. Ни Фридрих II ни его сын Конрад, несмотря на их права на Иерусалимскую корону, более никогда не приезжали на Святую землю. Государство крестоносцев оставалось без короля или королевы. Дальнейшие попытки Фридриха править Иерусалимским королевством были встречены сопротивлением со стороны местных баронов во главе с Жаном Ибелином, правителем Бейрута. В середине 1230-х годов наместник Фридриха был выслан из Акры, столицы Иерусалимского королевства. В 1244 году армия из Хорезма, призванная султаном Айюбом, взяла Иерусалим и он на много веков стал мусульманским. В итоге шестой крестовый поход, первый успешный со времен Первого, был оценён негативно из-за того, что Фридрих провёл его без поддержки церкви